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São as áreas da Instituição que compõem as seguintes estruturas, conforme estabelecidas DEX 02-2019:

• Diretoria Executiva (Presidência, Diretoria Institucional, Diretoria Administrativa-Financeira, Diretoria de Extensão Rural e Pesqueira, Diretoria de Pesquisa e Inovação, Auditoria Interma, Controle Interno, Ouvidoria e Encarregado de Dados);
• Departamentos Estaduais – DERP – Departamento Estadual de Extensão Rural e Pesqueira,
• DEGTI – Departamento Estadual de Gestão da Tecnologia de Informação,
• DEGPI – Departamento Estadual de Gestão da Pesquisa e Inovação,
• DEGP – Departamento Estadual de Gestão de Pessoas,
• DEGEF – Departamento de Gestão Econômico Financeira,
• DEGOP – Departamento Estadual de Gestão Operacional,
• DEMC – Departamento Estadual de Marketing e Comunicação,
• DEPLAN – Departamento Estadual de Planejamento,
• DJUR – Departamento Jurídico; Unidades de Extensão (Gerências Regionais de Campos Novos, Canoinhas, Chapecó, Concórdia, Criciúma, Florianopolis, Itajaí, Joinville, Lages, Palmitos, Rio do Sul, São Joaquim, São Miguel do Oeste, Tubarão, Videira, Xanxerê)
• Unidades de Pesquisa (Estações Experimentais de Caçador, Campos Novos, Canoinhas, Itajaí, Ituporanga, Lages, São Joaquim, Urussanga, Videira, Centro de Desenvolvimento em Aquicultura e Pesca
• CEDAP, Centro de Desenvolvimento em Aquicultura e Pesca
• CIRAM, Centro de Informações de Recursos Ambientais e de Hidrometeorologia de Santa Catarina
• CEPAF, Centro de Pesquisa para Agricultura Familiar